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2018年05月16日(水) AI(人工知能)に導かれたビッグデータ時代におけるゲノム研究

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日時

2018年5月16日(水)16:00〜17:00

場所

吹田キャンパス 生命機能研究科 生命システム棟2階 セミナー室

演者

池村淑道(長浜バイオ大学/総合研究大学院大学)

演題

AI(人工知能)に導かれたビッグデータ時代におけるゲノム研究

要旨

広範な生物種について多様なゲノム関係の情報が集積しビッグデータ化している。このビッグデータから新規性の高い知識発見をする上で、AIは力強い味方と言える。AIのなかでも「教師なし機械学習」は、予備知識やモデルや仮説を持たずに、知識発見をAIに任せる手法であり、想像もしなかった現象を見つけてくれる。我々のグループは十数年前より、教師なし機械学習のBLSOM(一括学習型自己組織化マップ)によりオリゴヌクレオチド頻度を解析し(1)、ゲノム配列に潜む多様な特徴を見いだして来た。オリゴヌクレオチドは、転写因子等の塩基配列特異的に結合するタンパク質類の結合モチーフであることから、機能的に興味深いゲノムの特徴を、BLSOMが視覚的に理解しやすい形式で表示してくれる。

今回はBLSOMが可能にする多様な解析例を紹介し、特に、セントロメア近傍のヘテロクロマチン領域に見られる、転写因子の結合配列やCpGを含むオリゴヌクレオチド類の集中の実態と、そのゲノム核内配置における役割を説明する(2と最近の研究)。応用的な研究例としては、エボラやインフルエンザのウイルスに見られる、方向性と再現性のあるゲノム配列の時系列変化を紹介する(3)。有効効性が失われ難い核酸医薬や診断試薬のデザインに必須の知見を提供できる(4)。

参考文献

  1. Informatics for unveiling hidden genome signatures.
    Genome Res. 13: 693-702, 2003.
  2. Notable clustering of transcription-factor-binding motifs in human pericentric regions and its biological significance.
    Chromosome Res. 21, 461-474, 2013.
  3. Directional and reoccurring sequence change in zoonotic RNA virus genomes visualized by time-series word count.
    Scientific Reports 2016; 6: 36197.
  4. Time-series oligonucleotide count to assign antiviral siRNAs with long utility fit in the big data era.
    Gene Therapy, 24, 668-673, 2017.

世話人

深川竜郎
Tel: 06-6879-4428
E-mail: tfukagawa@fbs.osaka-u.ac.jp


セミナー前後に池村博士と個別に面談したい方は、深川までご連絡ください。


http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/seminar/seminar/docs/fbs-seminar-fukagawa-20180516.pdf

細菌べん毛タンパク質輸送の交通整理のしくみを解明

2018年05月17日(木) H3K9メチル化エピゲノムの動的変動がほ乳類の発生・分化を制御する

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2018年5月17日(水)15:00〜16:00

場所

吹田キャンパス 生命機能研究科 生命システム棟2階 セミナー室

演者

立花誠(徳島大学先端酵素学研究所エピゲノム動態学)

演題

H3K9メチル化エピゲノムの動的変動がほ乳類の発生・分化を制御する

要旨

高等真核生物の遺伝子発現には、転写因子の機能のみならず、鋳型となるゲノムの後天的な修飾であるエピゲノムが大きく関与している。ヒストンH3の9番目のリジン(H3K9)のメチル化は、セントロメアやテロメアのように遺伝子発現が半永久的に抑制されたクロマチンを代表するエピジェネティックマークとして知られており、それを触媒する酵素は分裂酵母からヒトまで高度に保存されている。一方で、哺乳類にはそれ以外の酵素、すなわちセントロメアやテロメア以外の染色体部位を標的とするH3K9メチル化酵素や脱メチル化酵素が多数存在することが分かってきた。私たちはこれまで、ほ乳類のライフサイクルにおけるH3K9 メチル化エピゲノムの変動とその意義を明らかにする研究を進めてきた。その結果、H3K9 メチル化エピゲノムは当初予想されたような恒久的に維持されるものではなく、むしろ個体発生や細胞分化の過程で極めてダイナミックに変動し、遺伝子発現の時間・空間的な制御に積極的に関与していることを明らかにした。メチル化酵素と脱メチル化酵素の拮抗した作用によるH3K9メチル化エピゲノムのダイナミックな変動がどのような生命機能に関わっているのかについて、最新の知見を交えて紹介したい。

参考文献

  1. H3K9 methyltransferase G9a and the related molecule GLP
    Shinkai and Tachibana Genes Dev.25: p781, 2011
  2. Epigenetic regulation of mouse sex determination by the histone demethylase Jmjd1a
    Kuroki et al. Science341: p1106, 2013
  3. Rescuing the aberrant sex development of H3K9 demethylase Jmjd1a-deficeint mice by modulating H3K9 methylation balance.
    Kuroki et al. PLoS Genet.13: e1007034, 2017
  4. Combined loss of Jmjd1a and Jmjd1b reveals critical roles for H3K9 demethylation in the maintenance of embryonic stem cells and early embryogenesis.
    Kuroki et al. Stem Cell Rep.10: p1340, 2018

世話人

深川竜郎
Tel: 06-6879-4428
E-mail: tfukagawa@fbs.osaka-u.ac.jp


http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/seminar/seminar/docs/fbs-seminar-fukagawa-20180517.pdf

第182回生命機能研究科研究交流会2018年4月25日(水)12時15分~13時講演:Fang Yang(生命機能研究科 認知脳科学研究室(藤田研)・特任研究員)

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【講演案内】

演者:Fang Yang(生命機能研究科 認知脳科学研究室(藤田研)・特任研究員)

所属:生命機能研究科・認知脳科学研究室(藤田研)
  
演題:「Disparity Defined Edge Response in Early Visual Cortex

要旨:
  

Binocular disparity information is an important source for 3D perception. Neurons sensitive to binocular disparity are found in almost all major visual areas in non-human primates. In visual area V4, disparity processes are suggested for the purposes of 3D shape representation and fine disparity perception. However, whether V4 neurons are sensitive to disparity-defined edges used in shape representation is not clear. Also, a functional organization for disparity edge responses has not been demonstrated so far. With intrinsic signal optical imaging, we studied functional organization for disparity edges in monkey visual areas V1, V2 and V4. We found there is an orientation preference functional map in area V4 activated by edges purely defined by binocular disparity. This map is consistent with the orientation map obtained with regular luminance-defined edges, indicating a cue-invariant edge representation in this area. The map pattern is stable among different non-critical parameters of the visual stimuli, while using anti-correlated random dots no longer elicited it. 

In contrast, such a map is much weaker in V2 and totally absent in V1. 

These findings reveal a hierarchical processing of 3D shape along the ventral pathway, and the important role V4 plays in shape-from-disparity detection.




世話人:田村 弘(生命機能研究科 認知脳科学研究室(藤田研)・准教授)
Tel :7969
E-mail: tamura@fbs.osaka-u.ac.jp

2018年05月17日(木) All-optical mapping of cell states and phenotypes

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Date/Time

May 17, 2018 (Thu), 11:00-12:00

Place

2F Seminar room, BioSystems Building

Speaker

Nicholas Smith, Ph.D. (Osaka University Immunology Frontier Research Center)

Title

All-optical mapping of cell states and phenotypes

Abstract

Cell imaging is fundamental to our understanding of biology. However, current imaging approaches typically involve some combination of modification (labeling), or destruction (MS, NGS) of the cell of interest. Labeling is usually needed since cells that are functionally different can appear morphologically similar. Here, we describe recent advances in using purely optical approaches to single-cell analysis, without requiring any modification of the cell of interest. Two optical measurements we use to capture cell phenotype are Raman spectroscopy and quantitative phase imaging. Raman spectroscopy provides a high-dimensional fingerprint of the molecular composition of the cell. This information can be analyzed to look for signatures of expressed molecules or to identify changes within a single cell. Alternatively, measured data can be treated as a feature vector in a supervised machine learning model to either classify cell types, such as B or T cells, or cell states, such as cell activation. Along with Raman spectroscopy, quantitative phase imaging offers complementary information on the morphology of the cell. Here, we demonstrate that both Raman spectroscopy and quantitative phase imaging could independently distinguish macrophages that have been stimulated by lipopolysaccharide (LPS). These label-free methods are also promising in other areas in biology, especially at the single-cell level, where they can be used to evaluate cellular processes such as endocytosis or apoptosis, and allow us to track cellular states over time, in contrast to more invasive analysis techniques.

Host

Yasushi Inouye
Tel: 06-6879-4615
E-mail: ya-inoue@ap.eng.osaka-u.ac.jp


http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/seminar/seminar/docs/fbs-seminar-inouye-20180517.pdf

第183回生命機能研究科研究交流会2018年5月9日(水)12時15分~13時講演:馬場 昌範(鹿児島大学難治ウイルス病態制御研究センター(副学長・教授))

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【講演案内】

演者:馬場 昌範

所属:鹿児島大学難治ウイルス病態制御研究センター(副学長・教授)

演題:「抗エイズ研究の最前線

要旨:
エイズの原因ウイルスであるHIV-1の発見から35年近くが経過した。この間,エイズは「致死的な病気」から「制御可能な慢性疾患」へと劇的な変貌を遂げた。このようなHIV-1感染における大きな予後の改善は大部分抗レトロウイルス療法(ART)の進歩によるものである。核酸系逆転写酵素阻害薬,非核酸系逆転写酵素阻害薬,プロテアーゼ阻害薬,インテグレース阻害薬,そして侵入阻害薬といった,種々の薬剤が現在エイズ患者の治療に使用可能である。新規のインテグレース阻害薬を含有する配合薬が認可され,「1日1錠」の服用で済むようになった。さらに,現在の薬剤は初期のものと比較して,副作用がかなり軽減されている。しかし,免疫監視機構から逃れ,ARTによって除去出来ないHIV-1慢性感染細胞が存在するために,現在のARTはHIV-1感染を治癒させることが出来ない。従って,患者は抗レトロウイルス薬を生涯にわたって服用する必要がある。この問題を解決するために,われわれを含む多くのグループがエイズの治癒に関する研究に取り組んでおり,本コロキウムではこれらの取り組みについても紹介する。

世話人:
明石 満(生命機能研究科, ビルディングブロックサイエンス共同研究講座(明石研)・特任教授)
赤木 隆美(生命機能研究科 ビルディングブロックサイエンス共同研究講座(明石研)・特任准教授)
Tel: 06-6105-5505(内線5505)
E-mail: akagit@fbs.osaka-u.ac.jp

光散乱で探る量子的ゆらぎから古典的ゆらぎへの発展

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物質にレーザー光を入射すると、そのミクロなゆらぎによって入射光とは異なった振動数の光が放出される。この散乱光のスペクトルを解析すると、フェムト秒程度から始まる広範な時間スケールのゆらぎに関する情報を得ることができる。最近、光散乱スペクトルを精密に測定することにより、量子統計力学から一般的に期待される特徴を有していないゆらぎのあることが明らかになってきた。液体中のピコ秒オーダーのゆらぎなどの観測例を紹介し、量子的ゆらぎから古典的ゆらぎへの発展過程について考察したい。

周波数空間とフーリエ解析はなぜ脳の理解に重要か?

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周波数空間の概念とフーリエ解析は線形システム理論やX線回折像の解析では、なくてはならないスキルである。聴覚や視覚の理解においても、表面的な技術論以上に、それらの理解が本質的な重要性を持つ。拡張された「視覚受容野」の概念は時空間(X, Y, T)と時空間周波数(Fx, Fy, Ft)の両方にまたがって定義されるからである。最近の研究からも、これらは中間段階の視覚野であるMT野の機能の理解には欠かせない。これらの概念の理解を増進するために、研究室では、リアルタイム動作可能な1個の視覚野細胞のシミュレーター(VNS)を開発した(とりあえず、MT野のニューロンについて)。VNSは、最近ではどのPCにも内蔵されているビデオカメラを入力とし、1個の視覚ニューロンの細胞の反応をリアルタイムで出力する。このようなツールが、どのように直感的な理解の助けとなるかを、受容野モデルと対比しながらデモを交えて解説する。

クライオ電子顕微鏡による構造解析の現状と展望

2018年06月04日(月)16:00〜17:00 Transcriptional control in time and space

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Date/Time

June 4, 2018 (Mon), 16:00-17:00

Place

2F Seminar room, BioSystems Building

Speaker

Nadine L. Vastenhouw (Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics)

Title

Transcriptional control in time and space

Abstract

Upon fertilization, the genome of animal embryos is transcriptionally inactive until the controlled onset of transcription during the maternal-to-zygotic transition. We focus on this genome-wide onset of transcription in zebrafish, with the aim to understand how the transcriptional machinery and chromatin template are brought together in time and space to robustly regulate transcription in hundreds of blastomeres during genome activation. We analyze transcriptional regulation quantitatively (quantification of repressors, activators, number of cells at genome activation, transcripts) and at high resolution (imaging transcripts, chromatin architecture, and transcriptional machinery at high resolution) in the context of the embryo. This allows us to address questions about the timing of transcription initiation during development, synchrony between cells, and the function and establishment of nuclear architecture. I will present our latest results.

Host

Tatsuo Fukagawa
Tel: 06-6879-4428
E-mail: tfukagawa@fbs.osaka-u.ac.jp


セミナー終了前、後に、Vastenhouw博士と個別のdiscussion を行います。面談希望者 は、深川までご連絡ください。


http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/seminar/seminar/docs/fbs-seminar-fukagawa-20180604.pdf

2018年06月08日(金)16:00〜17:00 生後発達期の大脳皮質回路リモデリング

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日時

2018年6月8日(金)16:00〜17:00

場所

吹田キャンパス 生命機能研究科 生命システム棟2階 セミナー室

演者

岩里琢治(国立遺伝学研究所/総合研究大学院大学遺伝学専攻)

演題

生後発達期の大脳皮質回路リモデリング

要旨

大脳皮質の神経回路は、生後の一定期間に神経活動依存的にリモデリングされることにより成熟する。我々は"バレル"とよばれる特徴的な神経回路構造をもつマウス体性感覚野をモデルとして、先端的マウス遺伝学の手法を開発・駆使することによって生後発達期の神経回路リモデリングの分子・細胞機構の解明に取り組んできた(Iwasato et al., Neuron 1997, Nature 2000, J. Neurosci. 2008)。また、近年は、関連技術の開発を並行することにより、二光子顕微鏡in vivoイメージングの導入に取り組んできた。これまでにin vivoで大脳皮質のニューロンを疎らに明るく蛍光標識する技術(Supernova法)と視床皮質軸索で蛍光蛋白質を発現するトランスジェニックマウスを開発し、それらを組み合わせることにより体性感覚野第4層における視床皮質シナプスのプレ側(視床皮質軸索の末端)とポスト側(第4層ニューロンの樹状突起)を別の色で蛍光標識することを可能とした。そして、二光子顕微鏡を用いて新生仔マウスの脳の18時間にわたるin vivoタイムラプスイメージングを達成し、大脳皮質ニューロンの樹状突起リモデリングのダイナミクスの一端を明らかにすることに成功した(Mizuno et al., Neuron 2014)。本セミナーでは、二光子顕微鏡イメージングを用いた最近の結果(Mizuno et al., Cell Rep. 2018: Nakazawa et al., submitted)を中心に議論したい。


http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/seminar/seminar/docs/fbs-seminar-yamamoto-20180608.pdf

2018年06月19日(火)16:00〜17:30 Investigating the development and evolution of cortical circuits using in vivo assays in marsupials

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Date/Time

June 19, 2018 (Tue), 16:00-17:30

Place

2F Seminar room, BioSystems Building

Speaker

Dr. Rodrigo Suarez (Queensland Brain Institute, The University of Queensland)

Title

Investigating the development and evolution of cortical circuits using in vivo assays in marsupials

Abstract

The six-layered cerebral cortex integrates sensory perception with motor action, and mediates higher-order cognitive processes such as attention, learning and language. Healthy brain function relies on the precise formation of cortical circuits, and subtle developmental defects can lead to several conditions such as autism, attention deficit and schizophrenia. Most of our knowledge on healthy and pathological cortical development comes from studies in rodents and primates, as mammals are the only vertebrates that evolved a cerebral cortex. However, important questions remain open due to the lack of experimental paradigms to study the developing cortex in vivo, inside the uterus. Here I will present a marsupial model of extra-uterine cortical development (inside the pouch), the Australian fat-tailed dunnart (Sminthopsis crassicaudata). We have established a dunnart breeding colony and the in-pouch electroporation technique, which allows unprecedented access to selectively transfect multiple neuronal populations. By combining high-throughput RNA sequencing, molecular development and microscopy in mice and dunnarts, we are currently investigating the development and evolution of the transcriptional control of axon guidance, as only placental mammals (but not marsupials or monotremes) evolved a corpus callosum. Moreover, the skull of pouch-young dunnarts is highly translucent (hence amenable for optogenetics), allowing two-photon imaging of calcium activity in the developing neocortex at stages equivalent to prenatal humans and rodents. These features highlight the potential impact of laboratory marsupials to study the genetic and environmental influences on cortical development, while also providing important clues on the evolution of brain developmental systems.

Host

Nobuhiko Yamamoto
Tel: 06-6879-4636
E-mail: nobuhiko@fbs.osaka-u.ac.jp


http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/seminar/seminar/docs/fbs-seminar-yamamoto-20180619.pdf

通信工学と生命科学を融合する分子通信工学

ヌクレオチド除去修復で機能するユビキチンリガーゼ形成の制御

動物の光受容タンパク質の多様性とその活用術


2018年6月14日(木)16:00〜17:00 基部陸上植物ゼニゴケからみる陸上植物のヘテロクロマチン形成機構

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日時

2018年6月14日(木)16:00〜17:00

場所

吹田キャンパス 生命機能研究科 生命システム棟2階 セミナー室

演者

越阪部晃永(Gregor Mendel Institute)

演題

基部陸上植物ゼニゴケからみる陸上植物のヘテロクロマチン形成機構

要旨

真核生物のゲノムDNAは、ヒストンなどの核内タンパク質群との複合体であるクロマチンを形成し、細胞核内に収納される。近年、クロマチンのダイナミックな構造変化とそれに伴うDNA機能発現制御機構としてエピジェネティックな現象が注目されている。特に、ヒストンの非対立遺伝子的な亜種 (バリアント) は、クロマチンの基盤構造であるヌクレオソームの構造変換に関与することが示唆されている。これまでに、種子植物における特異的なヒストンバリアントとしてH2A.Wが同定され、ペリセントロメア領域におけるトランスポゾンの発現を抑制するヘテロクロマチンの形成に関与することが報告された(Yelagandula et al., 2014, Cell)。さらに、緑色植物におけるヒストンバリアントの系統解析を行った結果、H2A.Wに類似したヒストンバリアントが陸上植物で広く保存されていた(Kawashima et al., 2015, Trends Plant Sci.)。このことから、H2A.Wを含む特異的なヘテロクロマチン構造が、陸上植物への進化と機能の多様性獲得に関与することが示唆された。しかし、H2A.Wを含む特異的なヘテロクロマチン構造の形成と機能発現制御機構が陸上植物で進化的に保存されているかは不明であった。そこで、本研究では基部陸上植物として近年注目されているゼニゴケ(Marchantia polymorpha)に着目し、H2A.Wを含むクロマチンの構造および機能を、生化学および遺伝学的手法によって解析した。本講演では、最新のデータを紹介し、陸上植物におけるクロマチン構造の多様性獲得機構について議論したい。

世話人

深川竜郎
Tel: 06-6879-4428
E-mail: tfukagawa@fbs.osaka-u.ac.jp


セミナー前後に越阪部博士と個別に面談したい方は、深川までご連絡ください。


http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/seminar/seminar/docs/fbs-seminar-fukagawa-20180614.pdf

2018年05月01日(火)(実施報告を追加しました) Publishing in High Impact Journals

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実施報告を追加しました。

Date/Time

May 1, 2018 (Tue), 15:30-16:30

Place

2F Seminar room, BioSystems Building

Speaker

Tim Spencer, Ph.D. (the Deputy Editor of JCB)

Title

Publishing in High Impact Journals

Abstract

Published papers are often seen as the primary currency of academic science. A single such paper can be the result of several years of work by numerous individuals. And yet, it is still unclear to many academic researchers what happens to their paper once they submit it and what the editors of any given journal are looking for. Dr. Tim Spencer, the Deputy Editor of the Journal of Cell Biology, presents an overview of the publishing process from submission to publication which sheds light on the sometimes mysterious process of manuscript submission and editorial/peer review. Dr. Spencer has previously served as a Senior editor of the journal Nature Neuroscience and will also comment on the similarities and differences in the publishing process utilized by JCB and those of other well-known publishers such as Springer Nature, Science, and Cell Press.

Contact

FBS Planning Office
Tel: 06-6879-4645
E-mail: fbs-kikaku@fbs.osaka-u.ac.jp


http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/seminar/seminar/docs/fbs-seminar-20180501.pdf

実施報告

平成30年5月1日(火)、JCB (Journal of Cell Biology) 副編集長のTim Spencer氏より、上記タイトルのセミナーが開催されました。論文投稿に際し、編集側視点から研究者が知っておくべきTipsなどがシンプルにまとめられていました。

どのジャーナルに投稿するにせよ、誰に向けてなのか、内容の理解が得られるようなアプローチがとれているか等を心に留めて、といった話からスタートしました。演者所属のJCBでは現在投稿総数の67%がエディター審査に至る前段階で弾かれてしまうそうです。まずはレフェリー(3名)のレビューに回してもらえる33%に入るにはどういった要素が必要なのか、について具体的メッセージが続きました。複雑な専門用語を羅列するのではなくシンプルで直接的な説明を専門外の人にでも判るように意識して構成するように、といったアドバイスや、さらに判りやすくするためには分野外の研究者に原稿を読んでもらいフィードバックを得るとよい等の指南もありました。

また研究の結果を伝える際には、淡々と記載するのではなく、ストーリーがスムーズに理解できるように、なにが課題なのか、どうして面白いのかといった流れがつながるようにとのアドバイスもありました。細かい点においても、例えば原稿にはページ数を明記、図には番号記載を忘れないこと、図解の説明文も明解に、と読み手側に親切なスタンスこそが理解を助けるものになることを繰り返し述べられていました。

...

さらに、これまで印象に残ったカバーレターの好例、悪例(?)を基にユーモアも交えてアピールのあり方についての考察は興味深いものでした。

最後に、最近の生命科学系のジャーナルの事情や新しくこの5月から出版される雑誌についての話にも及びました。市場のニーズに基づき、オープンアクセス、コミュニティ主導型のタイプの一つとしてのEMBOpress、 Rockefeller University Press, Cold Spring Harbor Laboratory Press共同で、非営利組織としてLife Science Allianceが新しく創出されているとのこと。

研究者側から見落としがちな視点や具体的なアドバイス、最近の出版業界の動向に渡るまで、生命科学系の論文投稿にまつわるあれこれを盛りだくさんに聞ける貴重な機会でした。 研究科セミナーとして機会を与えて下さった吉森教授に感謝いたします。

(企画室 岡本)

2018年06月13日(水)11:00〜 Actin based epithelial projections in zebrafish: regulation of their formation, patterns and function

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Date/Time

June 13, 2018 (Wed), 11:00-

Place

2F Seminar room, BioSystems Building

Speaker

Mahendra Sonawane (Department of Biological Sciences, Tata Institute of Fundamental Research, Homi Bhabha Road, Colaba, Mumbai- 400005, INDIA)

Title

Investigating the development and evolution of cortical circuits using in vivo assays in marsupials

Abstract

Epithelial cells exhibit various kinds of F-actin based projections, which facilitate their functioning. For example, microvilli increase the absorptive surface of enterocytes whereas stereocilia of hair cells are essential for mechanosensation. In contrast to these tall, finger-like projections, microridges are horizontally long apical projections seen on squamous epithelial cells, including epidermal cells. Their proposed functions include mucus retention, abrasion resistance and actin as well as membrane storage. Although conserved in vertebrate lineage, the regulation of microridge formation has remained poorly understood. I will present the evidence that microridges are formed of branched actin network and their function is essential for the retention of mucus. By combining genetics with imaging in zebrafish, we have unravelled how cell polarity regulators control formation and maintenance of microridges in epidermal cells. We show that the aPKC function is essential to regulate the formation of microridges. Mechanistically, aPKC controls levels of apical Lgl, which along with non-muscle Myosin-II, functions as a pro-elongation factor for microridges in the epidermis. I will further discuss how function of an actin based molecular motor, Myosin Vb, is essential for the maintenance of microridges in the epidermal cells and microvilli in the enterocytes. In the end, I will emphasise the utility of microridges as an important model to unravel mechanisms that regulate formation of horizontally long actin-based projections and their patterns.

Host

Shigeru Kondo


http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/seminar/seminar/docs/fbs-seminar-skondo-20180613.pdf

2018年05月31日(木)(実施報告を追加しました) 立命館高校SSH生(+シンガポール NUS High School of Mathematics and Science 、香港 GT college)阪大FBS研究室訪問

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5月31日、立命館高校のSSH(スーパーサイエンス高校)の国際交流プログラムの一環として、シンガポール NUS High School of Mathematics and Science +香港 GT college、立命館高校3年生と合わせて52名の生徒およびそれぞれの高校教員の方々が本研究科の5研究室(難波研、深川研、甲斐研、岡本研、藤田研)を見学されました。

受け入れ研究室の教員からは、参加者の方々が大変熱心にメモを取られた姿が印象的だった、大学院生顔負けの質問をする方もおられて驚いた、というような声も聞かれました。

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今回の見学箇所の一つ、藤田研では「The mystery of the brain viewed from visual neuroscience(視覚に着目した脳科学研究から脳の謎に迫る)」というタイトルでの講義がありました。錯覚が作り出される例を元に脳が完璧ではなく曖昧さも含んでいること、意識してみている部分だけ見える(認知されている)というようなデモ映像をみて、見えるということは一体何なのか、参加者たちは多いに刺激を受けられたようです。また CiNet 施設内のMRI等の大型装置を見学させて頂く機会を得ました。

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プロト二ックナノマシン研究室(難波研)では鞭毛モーターの動きの観察や、巨大なクライオ電顕のしくみから実際の電顕画像までの詳細を知るコースも準備され、微細な構造を知るナノテクノロジーには驚きの感想も聞かれました。

生殖生物学研究室(甲斐研)ではハエを実際使った作業、卵巣の解剖やサンプルの観察からハエクイズまで、ハエのフルコース。教科書で習う生き物の構造、発生を身近に感じられた様子。卵巣は潰れそうで難しかったとの感想もありましたが、楽しい経験だったようです。

...

染色体生物学研究室(深川研)、ミトコンドリア動態学研究室(岡本研)では、事前学習時に難しそうだと身構えられていた方も、顕微鏡観察にて細胞内の詳細構造を目の当たりにし、説明や質問を通じて内容がより理解できた、面白かったなどのコメントも。

...

実際の研究現場に触れられて、もっと科学を勉強したい、これからも将来研究をやってみたいというような方が現れるなら、関係者一同大変喜ばしいことです。協力関係者の方々にお礼申し上げます。

(企画室 岡本)

シンポジウム「超解像の闘い/電子 vs 光」

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日時

2018年6月26日(木)14:30〜16:00

場所

吹田キャンパス 生命システム棟 2階セミナー室

講師

  • 難波啓一(大阪大学大学院生命機能研究科 教授)
  • 平岡泰(大阪大学大学院生命機能研究科 教授)

プログラム

  1. 「低温電子顕微鏡でなにが見えるか」難波啓一教授

    生体分子の立体構造は生命科学にとって基盤的な情報である。クライオ電子顕微鏡法は最近の技術進歩により分解能が目覚ましく向上し、構造生物学の大きな柱となっている。低温電子顕微鏡では、急速凍結して氷薄膜に包埋した生体分子や細胞の電子顕微鏡像の解析から立体像を可視化でき、単粒子像解析法では単離精製した分子の構造が、トモグラフィーでは細胞内で機能中の分子構造が見える。

  2. 「超分解能蛍光顕微鏡でどこまで見えるか」平岡泰教授

    蛍光顕微鏡を使えば、分子特異的に染色でき、生きている状態で観察できるなど、生物学に重要な多くの情報を得ることができる。しかし光学顕微鏡の分解能は、光の波の性質に起因する回折限界によって制限されており、これが欠点となっていた。近年の超分解能顕微鏡の開発によって、この回折限界を超えることが可能になり、蛍光顕微鏡に新たな可能性が生まれている。

  3. パネルディスカッション「イメージングの未来」難波啓一教授・平岡泰教授・石島秋彦教授・上田昌宏教授

    講演に基づき、現在の技術的限界や今後の技術開発による未来への期待と展望を議論したい。「こんなものが見たいのだけど、どのような方法がよいのか」「今は難しいがこんなものが見えるといいな」「他の技術と組み合わせることでこんなことがわかるかも」などなど、イメージングの未来を語ろう!

参加費

無料

対象

本学の学生・教職員、社会人・一般

申込

当日そのまま来ていただいても参加は可能ですが、参加を希望される方は、できるだけ下記リンク【申込フォーム】より事前申込をお願いいたします。
https://www.reno.osaka-u.ac.jp/event/?no=310

問い合わせ

大阪大学科学機器リノベーション・工作支援センター
E-Mail: event[at]reno.osaka-u.ac.jp
TEL/FAX: 06-6879-4781


http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/seminar/symposium/docs/symposium-reno-20180628.pdf
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